Скалли неофициально помогает Догетту и Рейес раскрыть тайну плана добавления хлорамина в питьевую воду, разработанного в лаборатории, скрытой на морском судне. Капитан старенького судна, построенного еще во времена Второй мировой войны, проходит ряд тщательно охраняемых пропускных пунктов. Он приближается к двери, за которой скрыта лаборатория, где проводят эксперименты над клетками. Доктор Нордлингер открывает дверь, чтобы получить бумагу с приказом, но прочитанные инструкции внушают ему беспокойство. Капитан возвращается на мостик и приказывает младшему офицеру Бамфорду направить корабль к берегу. На заводе по очистке воды в штате Мерилэнд Фоллмер пытается найти Доггетта, которого увлекает на дно резервуара с водой обнаженная Шаннон МакМахон. Когда разочарованный Фоллмер скрывается из вида, МакМахон прижимает свои губы к губам Доггетта, чтобы вдохнуть в его легкие кислород. На следующее утро, Рейес и Скиннера вызывают в офис Фоллмера. Фоллмер недоволен расследованием очередного дела из разряда Секретных Материалов. Фоллмер советует Рейес держаться подальше от Доггетта, чтобы не губить свою карьеру, но Рейес обвиняет Фоллмера в том, что у него свои планы насчет ее напарника. Доггетт, тем временем, просыпается в своей постели. Рядом с собой он видит МакМакхон. Шеннон рассказывает, что ее и Ноуле Рорера превратили в суперсолдат, которых нельзя убить. Хотя в первой стадии эксперимента их было двое, с годами было создано много таких, как они. Шеннон ненавидит свое преображение и просит Доггетта помочь ей разоблачить тех, кто проводит опыты над людьми, изменяя состав питьевой воды. Скиннер спрашивает Скалли, почему она продолжает помогать Доггетту в его расследовании, хотя Скиннер лично просил ее отойти от дел. Скалли признается, что с ее ребенком происходит что-то необъяснимое. Она боится рассказать об этом Малдеру, потому что тогда он захочет вернуться, а это может погубить его. Доггетт и Рейес просят Скалли приехать на квартиру Доггетта. МакМахон рассказывает Скалли, что химическое вещество под названием хлорамин добавляется в городские запасы воды. Хотя само по себе вещество безвредно, молекулярная структура этого хлорамина изменена, чтобы вызвать мутацию потомства. У людей, получивших достаточную порцию хлорамина вместе с водой, родятся необыкновенные дети - это будет поколение суперсолдат. Вначале Скалли сомневается в правдивости слов женщины, но затем она видит знакомое уплотнение на шее МакМахон. Несмотря на явное доказательство, все проведенные тесты показывают, что Шеннон обычный человек. Прождав в порту Балтимора и так и не получив никаких указаний от начальства, Капитан безуспешно пытается выйти на связь с Карлом Уормусом из управления по защите окружающей среды. Тем временем на корабле происходит замена - вместо младшего офицера Бамфорда на вахту заступает официально признанный мертвым Ноуле Рорер. Тело Бамфорда плавает в воде неподалеку. Тем временем, Фоллмер отстраняет Доггетта от работы. Доггетт обвиняет Фоллмера и заместителя директора Керша в тайной войне против Секретных Материалов. Одинокие Стрелки рассказывают Рейес, что влезли в телефонную станцию Управления по охране окружающей среды и обнаружили, что кто-то безуспешно пытался связаться с Карлом Уормусом. Звонки начались после того, как Карл утонул. Стрелки включают компьютер как раз в то время, когда раздается очередной звонок. Фрохайк представляется Уормусом. Звонит Капитан, он приказывает Уормусу обратиться в ФБР и рассказать правду о страшных экспериментах. Пока Капитан разговаривает с Уормусом, обладающий феноменальным слухом Рорер подслушивает весь разговор. Узнав, что МакМахон работает на департамент Правосудия, Рейес просит Фоллмера собрать информацию о женщине. Просмотрев файлы, Рейес объявляет Доггетту и Скалли, что МакМахон нельзя доверять. Два человека, которых она убила, на самом деле сами хотели рассказать миру правду об экспериментах с хлорамином, а МакМахон использует Доггетта, чтобы добраться до третьего доносчика - Капитана. Три агента отправляются в доки Балтимора, чтобы встретиться с Капитаном, но на месте встречи видят Ноуле Рорера. Скалли и Рейес спасаются бегством, а Доггетт пытается остановить атаку суперсолдата. Когда надежды уже не остается и Доггетт понимает, что сейчас погибнет, на причале появляет Шеннон. Она сносит Рореру голову. Окровавленная рука Рорера вцепляется в Шеннон, и оба суперсолдата падают в воду. Вместе со Скалли и Рейес, Доггетт отправляется на корабль в поисках Капитана. На палубе они видят его отрубленную голову, сам корабль пуст. Доггетт находит взрывное устройство, отсчитывающее последние минуты, и бежит в лабораторию за Скалли и Рейес. Скалли отказывается уходить - те, кто работал в лаборатории, использовали для экспериментов по трансплантации яичники. Доггетт насильно вытаскивает Скалли из лаборатории, торопясь сойти на землю до того, как корабль взорвется. Через два дня Керш читает отчет Доггетта. Хотя в отчете упомянаются суперсолдаты, морской корабль и заговор в правительстве, там нет ни слова о причастности к заговору Керша. Доггетт признает, что он не смог найти ничего незаконного в деятельности заместителя директора, но по-прежнему уверен, что руки Керша нечисты. Керш заявляет Доггетту, что он сам посоветовал Малдеру уехать, чтобы сохранить свою жизнь. Зная, что Малдер не согласился бы исчезнуть по одной рекомендации Керша, Доггетт приходит к выводу, что это Скалли подтолкнула бывшего напарника к отъезду. Под черной водой на дне океана лежит тело Шаннон МакМахон. Она неподвижна, но затем глаза женщины открываются. Скалли просыпается от плача Уилльяма, и долго успокаивает малыша. Когда Уилльям засыпает, Скалли выключает свет над его кроваткой, и игрушки над кроваткой сами по себе начинают вращаться.